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Schimmelpilzbefall auf Dichtstoffen ist zumindest eine optische Beeinträchtigung. Der Befall größerer Flächen kann auch zur gesundheitlichen Beeinträchtigung führen. Grundsätzlich ist eine Reinigung oder ggf. eine Sanierung befallener Flächen in bewohnten Räumen anzuraten.

Im Anfangsstadium des Befalls (Primärbefall) kann der Schimmelpilz meist erfolgreich von der Oberfläche des Dichtstoffs entfernt werden. Hierzu steht eine Reihe von Produkten zur Verfügung, wovon die chlorhaltigen am effektivsten sind. Ist der Befall sehr weit fortgeschritten, also auch das Innere des Dichtstoffs verfärbt (Sekundärbefall), so kann eine dauerhafte Lösung nur durch Entfernung des befallenen Dichtstoffes und erneutes Verfugen erzielt werden.

Den Hinweisen zum Aufbewahren und Einsetzen von Schimmelpilz bekämpfenden Mittel ist unbedingt Folge zu leisten. Die Produkte sind nach ihrer Einwirkzeit mit klarem Wasser abzuspülen. Zum nachträglichen Desinfizieren kann die Oberfläche mit einer 70-80%igen Alkohol-Lösung (Brennspiritus in Wasser) behandelt werden. Während der Behandlung und nachfolgend bis zum Trocknen sollen die Bereiche ausreichend gelüftet werden.
Wichtig ist nach erfolgreicher Beseitigung der Schimmelflecke insbesondere, dass durch geeignete Lüftungs- und Reinigungsmaßnahmen den Schimmelpilzen die Grundlage für weiteres Wachstum entzogen wird. Wird dies nicht eingehalten, ist mit erneutem Befall zu rechnen.

Weist der Dichtstoff zu den Fugenflanken keine Haftung mehr auf, so kann an dieser Stelle Feuchtigkeit in die Fuge eindringen. Dies kann zu Bauschäden und auch zu Schimmelpilzbildung in den Fugenbereichen führen. In diesem Fall muss der Dichtstoff entfernt werden und die Fuge und insbesondere die Haftfläche gereinigt werden. Anschließend ist neu zu verfugen unter Berücksichtigung der Hinweise des Dichtstoff-Herstellers.

Fugen mit starker chemischer, biologischer, physikalischer oder mechanischer Beanspruchung sind Wartungsfugen nach DIN 52460. Darunter fallen Fugen mit starker Wasserbelastung, starkem Schmutzanfall und häufigen Reinigungszyklen. Diese sind beispielsweise Fugen in stark frequentierten Nassräumen, im Unterwasserbereich, in Krankenhäusern sowie in Gewerbebetrieben. Hier sind die Fugen wie auch die übrigen Flächen in regelmäßigen Abständen zu kontrollieren. Bei Befall muss entsprechend o. g. Anleitung gereinigt werden und, falls erforderlich, der Dichtstoff erneuert werden, um Folgeschäden zu vermeiden.

In Schwimm- und Badebecken sollte eine jährliche Beckenentleerung durchgeführt werden, bei der die Fugen ebenfalls zu kontrollieren sind.